Pues sí, lo acabo de comprobar y es así. Sólo con bluetooth no suenan los whatsapps, con USB sí.
La explicación lógica que encuentro es que sea por seguridad vial para evitar distracciones.
Con el USB llevas Android auto que te permite el control por manos libres, pero con el bluetooth sólo no.
Lo que se me ocurre sólo con el bluetooth es utilizar Google Assistant con el botón del volante y usar el comando de voz "léeme los WhatsApp" y entonces te leé los WhatsApp pendientes o te dice que no hay ninguno. El inconveniente es que no sabes si tienes o no porque no te lo notifica.
Añado:
He visto por la web que desactivando la salida audio multimedia del bluetooth si suena. Pero esto no lo he probado, ni sé si se deja de escuchar a Google Assistant, o dejar de reproducir música desde el móvil.