Pues mira, hice alguna prueba más. Bajé el Any Video Converter y probé a convertir un par de películas.... Escogí como formato de salida Customized Avi Movie y Google Android MPEG-4 creo recordar. Los metí al USB y lo probé en el coche y nada, no las veía. Como en ese momento no tenía más tiempo ahí quedó. Esta mañana llevé al guaje al colegio y como llegamos un poco pronto fui a ponerle la que ya se veía de antes, y ¡milagro!, las dos que no aparecían antes ahora sí aparecen. Así que al menos con esos formatos, salen.
Otra cosa son temas con el ratio, si están con 16:9 pues no es lo más apropiado para el formato de la pantalla del coche, pero bueno, es ir trasteando opciones y ver cuál es la mejor.
prueba y ya me dices si conseguiste que se vieran